В систему ведомственного образования Калининградский пограничный институт ФСБ России вошёл 26 декабря 1995 года. Он стал профильной образовательной организацией по подготовке инженерно-технических специалистов. Базой для создания Института послужили территория и корпуса бывшего Калининградского высшего инженерного училища инженерных войск.
Обучение в Институте осуществляется по трем укрупнённым группам специальностей высшего и среднего профессионального образования и дополнительным профессиональным программам (повышения квалификации и профессиональной переподготовки).
Подготовка специалистов осуществляется по двум направлениям:
– пограничное;
– техническое.
Учебный процесс организован в строгом соответствии с федеральными государственными образовательными стандартами и квалификационными требованиями, используется компетентностный подход в обучении и модульный принцип его организации.
Содержание образовательных программ поддерживается в актуальном состоянии с учётом развития науки, техники и технологий, а также опыта оперативно-служебной деятельности органов безопасности. Компетентностные модели выпускников по получаемым специальностям обеспечивают подготовку курсантов к профессиональной деятельности.
За период обучения курсанты и слушатели осваивают десятки учебных дисциплин и модулей, которые объединены в циклы подготовки: гуманитарный, социальный и экономический; математический и естественно-научный; профессиональный и другие. Завершается процесс обучения итоговой государственной аттестацией.
Основной целью научно-исследовательской деятельности Института является научное сопровождение формирования и реализации инновационной модели профессионального образования.
В Институте в настоящее время работают более 160 ученых.
Неотъемлемой частью научной работы является подготовка научно-педагогических кадров. В 1998 году при Институте открыта адъюнктура, которая осуществляет набор и подготовку кадров по специальностям технического, юридического и педагогического направлений.